Do được làm từ nguồn cá cơm đánh bắt trực tiếp từ vùng biển Kiên Giang như cá cơm sọc tiêu đen, cá cơm sọc tiêu đỏ, cá cơm phấn, cá cơm than nên nước mắm Phú Quốc có màu nâu cánh gián vô cùng đẹp mắt! Màu nâu cánh gián rõ nhất khi nước mắm mới được xuất thùng, chờ đóng chai. Trong khi đó nước mắm ở các vùng khác như nước mắm Nha Trang có màu vàng ánh đỏ, nước mắm Phan Thiết có màu vàng ánh xanh do có lẫn nguồn cá tạp. Có thể nói, màu sắc khác nhau là dấu hiệu quan trọng nhất để mua được nước mắm Phú Quốc chất lượng và chính hãng.

Quy trình ướp muối cá cơm khi vừa đánh bắt lên, cũng làm cho nước mắm Phú Quốc có màu sáng trong hơn. Nguyên liệu tươi, quy trình ủ chượp tự nhiên và không dùng chất định màu, nên nước mắm có thể ngả sang màu đậm hơn nếu tiếp xúc với không khí. Bởi vậy, bà nội trợ nên đóng nút chặt, dùng trong 1-2 tháng sau khi mở. Mỗi bữa ăn, nên rót lượng vừa đủ chấm, không nên dư thừa.

Trong quá trình ủ ròng, người dân thường thêm mít hoặc khóm nên vị mặn của nước mắm thành phẩm bao giờ cũng dịu và có mùi thơm nhẹ. Do không có sử dụng chất phụ gia nên nước mắm Phú Quốc không có vị ngọt sốc hoặc vị mặn quá gay gắt. Thêm vào đó, cá cơm được ủ khi còn tươi lại thêm thời gian ủ gần 12 tháng nên nước mắm có vị mặn nhưng không còn mùi tanh của cá.

Mùi vị của nước mắm Phú Quốc không gay gắt xộc lên mũi mà thơm dịu, kích thích cảm giác thèm ăn. Ngay khi thưởng thức, bạn sẽ thấy tê tê nơi đầu lưỡi, trước khi cảm nhận được vị mặn đậm đà lan tỏa, rồi đọng lại vị ngọt đằm cuối lưỡi. Trong khi đó, các loại nước mắm pha chế nhiều chất phụ gia thường có vị ngọt sốc, sau đó ngọt lợ, cuối cùng là vị chua khi nêm nếm.

Theo đại diện của hãng nước mắm Ông Kỳ, một trong những đơn vị sản xuất nước mắm Phú Quốc tại Kiên Giang: "Muối là tác nhân duy nhất tham gia vào quá trình thủy phân. Nhờ tỷ lệ muối phù hợp, thịt cá chín hoàn toàn, cho ra độ đạm tối đa. Kết quả cho ra lượng acid amin quý hiếm mà ta quen gọi là đạm. Muối cũng là môi trường để bảo quản đạm acid amin rất tốt mà không cần đến chất bảo quản. Vì vậy, nước mắm Phú Quốc tự thân đã là sản phẩm sạch, không cần đến chất định vị, định màu, định mùi”.

Độ đạm từ 30 đến 43 là độ đạm tự nhiên cao nhất đạt được bằng phương pháp sản xuất thủ công truyền thống. Vị ngọt của nước mắm truyền thống là vị ngọt của độ đạm tự nhiên, được tạo thành từ quá trình ủ cá cơm tươi với muối trong khoảng thời gian không quá 12 tháng, cùng với kinh nghiệm lâu năm của cha ông để lại cá được trộn với muối có tỉ lệ 3 cá- 1 muối, quá trình ủ chượp không chất xúc tác, cá phân hủy kết hợp với điều kiện tự nhiên, thời tiết khí hậu trên đảo cho ra nước mắm Phú Quốc có những tính chất rất đặc biệt mà những vùng khác không có được. Đó chính là vị ngọt đậm đà, mặn mà, nơi đầu lưỡi, rồi lan tỏa trong lưỡi, và đọng lại dư vị ngọt ngào ở cuối lưỡi. Vị ngọt này kéo dài, đọng lại, gọi là hậu vị.